Olá Everton,
Eu tive este erro há um tempo e o problema estava justamente na NF-e de referencia (de saída - mov. 541). No meu caso, a chave de acesso da nota de saída não estava correta no XML e por isto, o sistema não achou a saída para então fazer o retorno (mov. 542).
Assim, como sugestão, tenta verificar se realmente se trata de uma NF-e ou NF comum (mov. 541)...e se no XML está corretamente informado no campo específico tal NF ou NF-e.
Fora isto, não tenho outra dica...
Boa sorte!
Att,
Bruno Duarte