Cassiano,
Há abertura em ambos os programas mencionados pelo Renan que chamam essa mensagem para colocar enhancements, porém, você não vai conseguir mudar essa mensagem de warning para erro.
O que você pode fazer é implementar a classe IF_J_1BNFE_IN, método CHECK_INVOICE e/ou SET_EKPO_BUFFER_REFRESH no ECC e fazer a mesma consistência do standard (origem xml X origem do PO/ SA item), gerando a mensagem de erro quando divergentes.
Acredito ainda que dá para condicionar essa mensagem, gerando apenas quando a mensagem de warning w398 estiver na memória.
Abs,
Sola
